Aktualności Instytutu Podstaw Informatyki PAN

Wprowadzają w błąd, sieją zamęt, wywołują emocje – jest coraz więcej fałszywych informacji w przestrzeni internetu. Polscy naukowcy chcą to zjawisko zatrzymać. Autorem projektu przeciwdziałania dezinformacji poprzez ocenę wiarygodności źródeł internetowych jest dr Piotr Przybyła z Instytutu Podstaw Informatyki PAN

Młody, ambitny naukowiec dostaje propozycje współpracy z zagraniczną uczelnią, w pana przypadku cenioną jednostką naukową. Czy na tamtym etapie zawodowym to była szansa, której nie można było zmarnować?

Niestety to rzadko się zdarza, by taki młody naukowiec zaraz po doktoracie rzeczywiście dostał taką propozycję. W praktyce to wygląda tak, że trzeba samemu aktywnie poszukiwać. Obroniłem doktorat w Instytucie Podstaw Informatyki PAN i uznałem, że kontynuowanie pracy za granicą będzie naturalnym kolejnym krokiem. Taka jest dobra praktyka w międzynarodowym środowisku naukowym: ludzie po ukończeniu doktoratu podejmują staże podoktorskie w cenionych ośrodkach. Dzięki temu mają możliwość zdobycia nowych doświadczeń, zobaczenia, jak wyglądają badania w innej tematyce, poznania nowych metod badawczych. Tak zdobywa się też kontakty z innymi młodymi badaczami, a to potem procentuje. Jest to jednak coś, co wymaga wiele wysiłku, bo znalezienie odpowiedniego miejsca wcale nie jest łatwe.

Cyfrowa infrastruktura badawcza dla humanistyki i nauk o sztuce DARIAH-PL, projekt konsorcjum wiodących polskich instytucji naukowo-badawczych, zdobył dofinansowanie z Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój.
Liderem projektu jest Instytut Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademii Nauk Poznańskie Centrum Superkomputerowo-Sieciowe.

W ramach realizcji projektu Instytut Podstaw Informatyki będzie zaangażowany w realizację zadań grup roboczych:

• Metody i narzędzia lingwistycznej analizy tekstu
• Korpusowa infrastruktura badawcza dla polszczyzny
• Filologia cyfrowa

Powstałe w sierpniu 2014 roku konsorcjum DARIAH-PL (Digital Research Infrastructure for the Arts and Humanities) to największe konsorcjum humanistyczne w Polsce. DARIAH-PL, złożone obecnie z 18 instytucji, to największe w historii polskiej humanistyki konsorcjum naukowe. Jego celem jest rozwój i współpraca instytucji i badaczy zajmujących się projektami wykorzystującymi infrastrukturę cyfrową w realizacji projektów z zakresu humanistyki i nauki o sztuce w naszym kraju. Koordynatorem konsorcjum DARIAH-PL jest Uniwersytet Warszawski

Wiecej o DARIAH-PL na stronie: dariah.pl

Doktor Paweł Teisseyre (Zespół Analizy i Modelowania Statystycznego) wygłosił referat na prestiżowej konferencji ECAI (European Conference on Artificial Intelligence). Konferencja należy do najbardziej prestiżowych europejskich konferencji z dziedziny uczenia maszynowego i sztucznej inteligencji (ranking CORE: A). Praca dotyczy zaproponowanej przez dr Teisseyre metody uczenia łańcuchów klasyfikatorów w problemie klasyfikacji z wieloma etykietami. Zaproponowany algorytm pozwala ograniczyć liczbę cech wybieranych do modelu przy gwarancjach na wybieranie cech istotnych. Nowa metoda została użyta do przewidywania wielo-zachorowalności (współwystępowania wielu chorób u jednej osoby) na podstawie parametrów klinicznych pacjentów. Praca została opublikowana w materiałach konferencji ECAI i jest dostępna pod adresem: http://ecai2020.eu/papers/466_paper.pdf

W przełomowym projekcie Pan-Cancer ponad tysiąc naukowców z całego świata zbudowało najdokładniejszy obraz nowotworów. Wyniki ich prac zostały opublikowane w dwóch artykułach czasopisma Nature i czterech artykułach towarzyszących w Nature Communications i Communications Biology. Przedstawiono w nich niemal ciałkowity obraz wszystkich znanych nowotworów. Studia te w przyszłości pozwolą na stosowanie zindywidualizowanego leczenia każdego pacjenta, jak również na wcześniejsze wykrywanie nowotworów.

Konsorcjum Pan-Cancer przeanalizowało kompletny kod genetyczny 2 658 nowotworów. Znaleziono 4-5 głównych mutacji, które sterują rozwojem nowotworu. Mutacje te mogą być celem terapii antynowotworowych, w szczególności indywidualnie dostosowanych do każdego pacjenta. Szczególną uwagę w projekcie poświęcono obszarom niekodującym białka, występującym w elementach regulatorowych genomu.

Dzięki określeniu wieku mutacji (około 20% tych mutacji powstaje wiele lat, a nawet dziesięcioleci wcześniej) powstają nowe możliwości wczesnego diagnozowania, nawet zanim nowotwór powstanie.

Nasz pracownik, profesor Jan Komorowski, uczestniczy w projekcie Pan-Cancer i jest współautorem wspomnianych sześciu artykułów. Wkład jego zespołu w projekt Pan-Cancer to przede wszystkim wykrywanie istotnych mutacji w obszarach regulatorowych genomów. Analizy te są wykonywane zaawanasowanymi metodami bioinformatycznymi stosowanymi do wielkich zbiorów danych z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego.

1 marca br. profesor Jan Komorowski był gościem audycji: Rozmowa z ciekawym człowiekiem, audycji prowadzonej przez Przemysława Iwańczyka w radiu TOK FM. Tutaj można wysłuchać zapisu audycji pt. "Badanie, które jest dla onkologii tym, czym dla fizyki Wielki Zderzacz Hadronów".

Rheinbay, E., Nielsen, M.M., Abascal, F. et al. Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes. Nature 578, 102–111 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1965-x,
Campbell, P.J., Getz, G., Korbel, J.O. et al. Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 578, 82–93 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1969-6,
Carlevaro-Fita, J., Lanzós, A., Feuerbach, L. et al. Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis. Commun Biol 3, 56 (2020). doi: 10.1038/s42003-019-0741-7,
Reyna, M.A., Haan, D., Paczkowska, M. et al. Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes. Nat Commun 11, 729 (2020). doi: 10.1038/s41467-020-14367-0,
Paczkowska, M., Barenboim, J., Sintupisut, N. et al. Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data. Nat Commun 11, 735 (2020). doi: 10.1038/s41467-019-13983-9,
Shuai, S., Abascal, F., Amin, S.B. et al. Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower. Nat Commun 11, 734 (2020). doi: 10.1038/s41467-019-13929-1