8 czerwca ruszyła rekrutacja do Szkoły Doktorskiej Technologii Informacyjnych i Biomedycznych Instytutów PAN (TIBPAN). TIBPAN prowadzi kształcenie interdyscyplinarne przygotowujące do uzyskania stopnia doktora w następujących dyscyplinach:

• informatyka techniczna i telekomunikacja,
• inżynieria biomedyczna,
• nauki medyczne.

Instytut Podstaw Informatyki PAN w ramach studiów w TIBPAN prowadzi rekrutację w 7 tematach badań doktoranckich:

1. Bezpieczne i wiarygodne głębokie sieci neuronowe,
2. Ku semantycznym miarom zawartości informacyjnej - integracja wiedzy z grafu linków i semistrukturalnej informacji tekstowej,
3. Learning to rank w modelowaniu różnicowym i medycynie spersonalizowanej,
4. Metody uczenia maszynowego uwzględniające informacje o kosztach zmiennych,
5. Modelowanie i analiza zjawisk obiegu informacji w wirtualnej infosferze on-line,
6. Weryfikacja socjotechnicznych modeli systemów wieloagentowych i protokołów elektronicznego głosowania,
7. Zastosowanie metod sztucznej inteligencji, w szczególności głębokiego uczenia się, w analizie danych molekularnych.

Więcej na ten temat na stronach:
https://ipipan.waw.pl/studia/szkola-doktorska-tib-pan
http://tib.ippt.pan.pl

Termin nadsyłania zgłoszeń na adres Instytutu Podstawowych Problemów Techniki PAN mija 9 lipca 2019 r.

XIII sympozjum Polskiego Towarzystwa Bioinformatycznego organizowane przez Instytut Podstaw Informatyki PAN odbędzie się w Warszawie w dniach 16-18 września 2020 r. w siedzibie IPI PAN. Konferencja otrzymała dofinansowanie z Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego w ramach programu "Doskonała Nauka".

W przełomowym projekcie Pan-Cancer ponad tysiąc naukowców z całego świata zbudowało najdokładniejszy obraz nowotworów. Wyniki ich prac zostały opublikowane w dwóch artykułach czasopisma Nature i czterech artykułach towarzyszących w Nature Communications i Communications Biology. Przedstawiono w nich niemal ciałkowity obraz wszystkich znanych nowotworów. Studia te w przyszłości pozwolą na stosowanie zindywidualizowanego leczenia każdego pacjenta, jak również na wcześniejsze wykrywanie nowotworów.

Konsorcjum Pan-Cancer przeanalizowało kompletny kod genetyczny 2 658 nowotworów. Znaleziono 4-5 głównych mutacji, które sterują rozwojem nowotworu. Mutacje te mogą być celem terapii antynowotworowych, w szczególności indywidualnie dostosowanych do każdego pacjenta. Szczególną uwagę w projekcie poświęcono obszarom niekodującym białka, występującym w elementach regulatorowych genomu.

Dzięki określeniu wieku mutacji (około 20% tych mutacji powstaje wiele lat, a nawet dziesięcioleci wcześniej) powstają nowe możliwości wczesnego diagnozowania, nawet zanim nowotwór powstanie.

Nasz pracownik, profesor Jan Komorowski, uczestniczy w projekcie Pan-Cancer i jest współautorem wspomnianych sześciu artykułów. Wkład jego zespołu w projekt Pan-Cancer to przede wszystkim wykrywanie istotnych mutacji w obszarach regulatorowych genomów. Analizy te są wykonywane zaawanasowanymi metodami bioinformatycznymi stosowanymi do wielkich zbiorów danych z wykorzystaniem metod uczenia maszynowego.

1 marca br. profesor Jan Komorowski był gościem audycji: Rozmowa z ciekawym człowiekiem, audycji prowadzonej przez Przemysława Iwańczyka w radiu TOK FM. Tutaj można wysłuchać zapisu audycji pt. "Badanie, które jest dla onkologii tym, czym dla fizyki Wielki Zderzacz Hadronów".

Rheinbay, E., Nielsen, M.M., Abascal, F. et al. Analyses of non-coding somatic drivers in 2,658 cancer whole genomes. Nature 578, 102–111 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1965-x,
Campbell, P.J., Getz, G., Korbel, J.O. et al. Pan-cancer analysis of whole genomes. Nature 578, 82–93 (2020). doi: 10.1038/s41586-020-1969-6,
Carlevaro-Fita, J., Lanzós, A., Feuerbach, L. et al. Cancer LncRNA Census reveals evidence for deep functional conservation of long noncoding RNAs in tumorigenesis. Commun Biol 3, 56 (2020). doi: 10.1038/s42003-019-0741-7,
Reyna, M.A., Haan, D., Paczkowska, M. et al. Pathway and network analysis of more than 2500 whole cancer genomes. Nat Commun 11, 729 (2020). doi: 10.1038/s41467-020-14367-0,
Paczkowska, M., Barenboim, J., Sintupisut, N. et al. Integrative pathway enrichment analysis of multivariate omics data. Nat Commun 11, 735 (2020). doi: 10.1038/s41467-019-13983-9,
Shuai, S., Abascal, F., Amin, S.B. et al. Combined burden and functional impact tests for cancer driver discovery using DriverPower. Nat Commun 11, 734 (2020). doi: 10.1038/s41467-019-13929-1

Projekt CLARIN – Wspólne zasoby językowe i infrastruktura technologiczna, otrzymał dofinansowanie w ramach Programu Operacyjnego Inteligentny Rozwój, z działania 4.2 „Rozwój nowoczesnej infrastruktury badawczej sektora nauki”.

Celem działania jest wsparcie strategicznych projektów infrastruktury badawczej, wpisanych na Polską Mapę Infrastruktury Badawczej.

Projekt został złożony przez konsorcjum w składzie: Politechnika Wrocławska, Instytut Podstaw Informatyki PAN, Instytut Slawistyki PAN, Uniwersytet Łódzki i Uniwersytet Wrocławski.

Z ramienia IPI PAN-u w przedsięwzięciu bierze udział Zespół Inżynierii Lingwistycznej.