Streszczenie autorskie:
Mówimy, że ciąg nad skończonym n-elementowym alfabetem ma promień ograniczony przez k, jeśli każde dwa różne elementy tego alfabetu występują w tym ciągu co najmniej raz w odległości nie większej niż k. Problem znajdowania możliwie krótkich takich ciągów pojawił się w związku z koniecznością przetwarzania dużej liczby bardzo dużych obiektów (np. zdjęć medycznych) znajdujących się w odległej bazie danych. Podczas referatu zaprezentujemy konstrukcje takich ciągów o asymptotycznie najkrótszej możliwej długości. Omówimy też pewne uogólnienia tego problemu i jego powiązania z innymi problemami matematyki dyskretnej.

Streszczenie autorskie:
Over the past few decades, major advances in the fields of molecular biology and genomic technology have led to an explosive growth in the biological information generated by the scientific community. Therefore, to extract useful information from the different biological data repositories, knowledge discovery and data mining have recently emerged as challenging tasks. Here in this presentation, the development of new clustering and classification techniques for various biological problems are demonstrated. For the clustering purpose, improved differential evolution based automatic fuzzy clustering technique is developed to find the number of clusters automatically from gene expression datasets. Subsequently, the multiobjective clustering technique is developed for cancer classification. Thereafter, consensus clustering approach is developed with the use of recently proposed differential evolution based clustering technique and other state-of-the-art methods to analyse the AAindex database which contains various physicochemical and biochemical properties of amino acids. For developing the classification techniques, an ensemble based predictor is developed for automatic prediction of protein post translational modification sites. Subsequently, another new ensemble based classifier is also developed for the binding prediction of peptide to the Human Leukocyte Antigen (HLA) Class-II protein. Thereafter, protein-protein interaction prediction is evaluated using state-of-the-art classifiers after preparing the refine datasets of Yeast and Human.

Reference: Related to the Presentation

• [1] I. Saha, D. Plewczynski, U. Maulik and S. Bandyopadhyay, “Improved Differential Evolution for Microarray Analysis”, International Journal of Data Mining and Bioinformatics, Vol. 6, No. 1, pp. 86-103, 2012.
• [2] I. Saha, U. Maulik, S. Bandyopadhyay and D. Plewczynski, “Improvement of new automatic differential fuzzy clustering using SVM classifier for microarray analysis”, Expert Systems with Applications, Vol. 38, No. 12, pp. 15122-15133, 2011.
• [3] I. Saha, U. Maulik, S. Bandyopadhyay and D. Plewczynski, “Unsupervised and Supervised learning approaches together for Microarray Analysis”, Fundamenta Informaticae, Vol. 106, No. 1, pp. 45-73, 2011.
• [4] I. Saha, U. Maulik, S. Bandyopadhyay, and D. Plewczynski, “Cancer classification using SVM-boosted multiobjective differential fuzzy clustering”, in Proceedings of the Fifth International Conference Starting AI Researchers’ Symposium, pp. 290-302, 2010.
• [5] I. Saha, U. Maulik, S. Bandyopadhyay and D. Plewczynski, “Fuzzy Clustering of Physicochemical and Biochemical Properties of Amino Acids”, Amino Acids, Vol. 43, No. 2, pp. 583-594, 2012.
• [6] I. Saha, U. Maulik, and D. Plewczynski, “Application of high quality amino acid indices to AMS 3.0: An update note”, in Proceedings of the Seventh International Conference on Bio-Inspired Computing: Theories and Application, pp. 217-225, 2012.
• [7] D. Plewczynski, S, Basu and I. Saha, “AMS 4.0: Consensus Prediction of Post-Translational Modifications in Protein Sequences”, Amino Acids, Vol. 43, No. 2, pp. 573-582, 2012.
• [8] S. S. Bhowmick, I. Saha, L. Rato, and D. Bhattacharjee, “RotaSVM: A new ensemble classifier”, Advances in Intelligent Systems and Computing, Vol. 227, pp. 47-57, 2013.
• [9] S. S. Bhowmick, I. Saha, G. Mazzocco, U. Maulik, L. Rato, D. Bhattacharjee, and D. Plewczynski, “Application of RotaSVM for hla class II protein-peptide interaction prediction”, in Proceedings of the Fifth International Conference BIOINFORMATICS, pp. 178-185, 2014.
• [10] I. Saha, G. Mazzocco and D. Plewczynski, “Consensus classification of Human Leukocyte Antigens class II proteins”, Immunogenetics, Vol. 65, No. 2, pp. 97-105, 2013.
• [11] I. Saha, T. Klingstrom, S. Forsberg, J. Wikander, J. Zubek, M. Kierczak, and D. Plewczynski, “Evaluation of machine learning algorithms on Protein-Protein interactions”, in Proceedings of the Third International Conference Man-Machine Interactions, pp. 211-218, 2013.
• [12] I. Saha, J. Zubek, T. Klingstrom, S. Forsberg, J. Wikander, M. Kierczak, U.Maulik, and D. Plewczynski, “Ensemble learning prediction of protein-protein interactions using proteins functional annotations”, Molecular BioSystems, Vol. 10, No. 4, pp. 820-830, 2014.

Streszczenie autorskie:
Podczas seminarium przedstawione zostaną protokoły ochrony informacji w systemach rozproszonych, w których nie ma możliwości zastosowania klasycznych technik kryptograficznych. Szczególny nacisk położony zostanie na systemy RFID (Radio Frequency IDentification) oraz sieci sensorów. Poza kilkoma protokołami pokazane zostaną także najważniejsze techniki użyte podczas ich analizy.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.

Streszczenie autorskie:
2, 3, 5, 7, 11, 13 . . . share a common property: they are prime numbers. Although familiar to the children since their early age, these numbers still hide many mysteries. The Riemann Hypothesis is precisely focused on one of these mysteries. Formulated in 1859, its importance pushed the mathematician Hilbert to make it in 1900 one of the 23 problems which still carry his name, and pushed the Clay Mathematical Institute as well to make it in 2000 one of the 7 problems of the millennium, and to allocate $ 1 million to its solution. This hypothesis remains open, and is of the Mount Everest of research in mathematics. The aim of the talk is threefold: to express the Riemann hypothesis in an understandable way; to describe some of the recent advances and perspectives on the subject; and finally to allow the audience to meditate the opposition between a scientific work and a piece of art, an opposition expressed by the Doctor Zhivago in the novel of Boris Pasternak, the former obeying to the law of repulsion, while the latter obeys to the law of attraction.

Streszczenie autorskie:
Many concepts in modern molecular biology are defined on the basis of observing complex phenomena. One has to admire both the ability to reason logically and the prowess in creating abstractions among the leading biologists. Nevertheless, in the presence of massive data collected in todays experiments, even the sharpest minds either cannot establish a definition or fumble in their efforts. Using examples from our own research, I shall show how supervised learning, including feature selection, may help create new definitions or redefine the existing ones.

Streszczenie autorskie:
Tematem seminarium będą zagadnienia anonimowości dla elektronicznych dokumentów tożsamości. Podczas seminarium przedstawię pojęcie anonimowości w protokołach identyfikacyjnych, podpisach elektronicznych i anonimowych poświadczeniach. Pokazane zostaną różne koncepcje anonimowości: ukrywanie kluczy publicznych, pseudoanonimowość domenowa oraz niemożność śledzenia użytkowników. Omówię problematykę związaną z anonimową identyfikacją, a w szczególności w gdy ma być implementowana na urządzeniach o ograniczonych zasobach takich jak smart card. Omówię również obecny stan badań nad tymi zagadnieniami oraz dokąd nasze badania powinny dążyć.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.

Streszczenie autorskie:
New understanding of human, as well as computer creativity has been initiated both in the data mining of Informatics and in Mathematics Education. The new understanding is based on the concept of bisociation underlying an Aha moment, which was formulated in Arthur Koestlers Act of Creation (1964). The presentation will provide the background environment for the concept of bisociation in both domains, as well as the examples of its use in each. The types of bisociativity particularly useful for data mining will be analyzed. An idea for the international European grant will be discussed.

Streszczenie autorskie:
Podczas seminarium zostaną zaprezentowane wyniki badań dotyczące wykorzystania sposobu pisania na klawiaturze przez użytkowników celem ich autoryzacji i identyfikacji. Omówiona zostanie analiza informacji zawartej w sposobie pisania na klawiaturze, rozkłady timingów dla poszczególnych użytkowników oraz analiza wpływu kontekstu różnych n-grafów. Przedstawione zostaną również modele adwersarza oraz ocena możliwości podszywania się pod użytkownika oraz jego śledzenia jak również opracowanie algorytmów ochrony tożsamości użytkowników systemu bezpieczeństwa opartego o keystroking. Zademonstrowane zostanie również urządzenie sprzętowe wykorzystujące algorytmy ochrony tożsamości biometrycznej użytkowników.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.

Streszczenie autorskie:

Streszczenie autorskie:
Referat dotyczyć będzie efektywnych algorytmów związanych z etykietowanymi zbiorami częściowo uporządkowanymi. Przyjęte rozwiązania zakladają, że uporządkowany zbiór etykiet jest istotnie mniejszy od procesowanego zbioru częściowo uporządkowanego. Ponadto relacja częściowego porządku indukowana jest przez relację zależności określoną na zbiorze etykiet. W szczególności, zajmę się problemem generowania wszystkich częściowych porządków określonej wielkości nad zadanym zbiorem etykiet. Przedstawiony algorytm generuje kanonicznych reprezentantów (minimalne leksykograficznie rozszerzenia liniowe) kolejnych zbiorów, czyli w każdym pełnym przebiegu algorytmu każdy zbiór jest zwracany dokładnie raz. Przedstawię też usprawnioną wersję algorytmu, która korzysta z reprezentacji skompresowanej oraz adaptację algorytmu generującą tylko zbiory o ustalonym wektorze Parikha etykiet.

Streszczenie autorskie:
Podczas seminarium przedstawione zostaną pewne nowe algorytmy kryptograficzne podpisów cyfrowych oraz protokoły anonimowej komunikacji. Wszystkie zaprezentowane rozwiązania oparte są o problem dyskretnego logarytmu.
W zakresie podpisu cyfrowego omówione zostaną modele podpisów cyfrowych, w których wymaga się realizacji niestandardowych funkcjonalności. Przedstawione będą między innymi podpis warunkowy (ważność podpisu warunkowana jest istnieniem innego podpisu), podpis dedykowany (podpis może być zweryfikowany tylko przez ustalony podzbiór podmiotów) czy podpisy modyfikowalne (możliwa jest ściśle ograniczona modyfikacja podpisanej wiadomości bez utraty ważności podpisu). Poza samymi modelami krótko omówione zostaną też przykładowe konstrukcje, które je realizują.
W ramach tematyki dotyczącej anonimowej komunikacji przedstawione zostaną rozszerzenia klasycznego protokołu cebulkowego (tzw. Onion Routingu) wykorzystujące metodę uniwersalnego reszyfrowania kryptogramów. Następnie omówione zostaną nowe rodzaje ataków aktywnych na tego typu protokoły, m.in. polegające na modyfikacjach ścieżek po jakich przesyłane są wiadomości oraz techniki ochrony przed nowymi typami ataków.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.

Streszczenie autorskie:
Porównanie tekstów i ocena podobieństwa między nimi jest dla człowieka zadaniem stosunkowo prostym, jeśli tekstów jest ledwie kilka. Jednak komplikacja zadania gwałtownie rośnie, gdy tekstów przybywa. Bez komputerowej automatyzacji porównań czulibyśmy się niemal bezradni mając zweryfikować wzajemne podobieństwa setek tysięcy tekstów, a nawet z tą pomocą jest to zadanie niebanalne, obciążone dużą złożonością morfologiczną języka polskiego. W tej prezentacji przedstawię najczęściej spotykane problemy związane z procesem automatycznego porównania tekstów. Zaproponuję matematyczny model przetwarzania i gromadzenia informacji będących podstawą oceny podobieństwa. Wyodrębnione cechy danego tekstu pozwolą na ograniczenie wyszukiwania podobieństw do wyróżnionego fragmentu bazy tekstów referencyjnych. Przedstawione zostaną także prawne aspekty związane z zagadnieniem wykorzystania omówionych algorytmów w systemie porównania prac dyplomowych oraz wyniki skuteczności działania opartego o przedstawiony model systemu.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.

Streszczenie autorskie:
Problem planowania zajęć należy do klasy problemów NP. Na seminarium zostanie on przedstawiony jako problem optymalizacyjny. Zaprezentowane zostana algorytmy automatycznego układania planów zajęć bazujace na metodach przeszukiwania lokalnego, optymalizacji wielokryterialnej oraz metodach ewolucyjnych. Autor zaproponuje kryteria oceny efektywności i skuteczności prezentowanych algorytmów. Przedstawione zostana wyniki eksperymentów przeprowadzonych na rzeczywistych danych.

Referat dotyczy wyników przedstawianej w IPI rozprawy doktorskiej.